O Colégio São Francisco Xavier foi fundado a 10 de abril de 1966, pelo padre Vicente Mitidieri, sendo mantido pela Prelazia do Baixo Tocantins, hoje Diocese de Abaetetuba. Inicialmente foi denominada como escola paroquial constituída por alunos do sexo masculino, funcionando em uma das dependências da paróquia Nossa Senhora da Conceição caracterizando-se como Escola Paroquial. Anos depois passou a situar-se à Avenida 15 de agosto, 339, Centro, onde funcionava o antigo seminário da Diocese, nesta época trabalhando com alunos de ambos os sexos.
O Colégio apresenta-se como uma entidade inovadora do Município de Abaetetuba. Primando por uma formação política voltada à conscientização, foi tornando-se referência nos movimentos sindicais e estudantis favorecendo dessa forma a organização na luta por direitos de cidadania, resultando em diversas conquistas para a comunidade , Várias conquistas e avanços surgiram no decorrer dos tempos, como a luta pela implantação de um Campus Universitário na região; que quando consolidado, resultou na formação de vários profissionais com nível superior, atuando, sobretudo, na área do magistério e em outros segmentos profissionais liberais o qual contribuiu com maior desempenho dos profissionais da educação, e superação em relação à qualidade do processo ensino aprendizagem.
Inédita também foi a realização da eleição para a escolha de diretor, onde o Colégio São Francisco Xavier foi o primeiro no Estado do Pará a exercer esse ato democrático nas escolas públicas do estado, dessa forma, tornou-se referência para a rede educacional do Pará. Tendo como diretor eleito pela comunidade educativa o professor Athaide Feio Neves, no ano de 1983.
No que diz respeito à organização estudantil, o Colégio foi a primeira escola no Município a trabalhar a conscientização política com participação dos estudantes visando sua organização, elegendo o primeiro Grêmio Estudantil das escolas públicas do Município no ano de 1980. Favoreceu ainda o surgimento da UESA, União dos Estudantes Secundaristas de Abaetetuba. Outro fato importante foi em relação à efetivação do primeiro Conselho Escolar no ano de 1980.
Relevante marco se deu em 1995, através de parcerias com Associação de pais e Mestres e ajuda da comunidade, a construção do primeiro ginásio de esportes coberto do município, com duas quadras: uma de voleibol e outra para atender as diversas modalidades de esporte com arquibancada de estrutura para comportar aproximadamente 700 pessoas.
Devido ao atendimento de solicitação de vagas e buscando melhorar a qualidade de ensino, se fez necessário projetar e realizar reformas em relação a estrutura física do Colégio, que a partir da implementação Projeto Político Pedagógico no início do ano, foi preciso uma nova reestruturação dos diversos setores da escola, com construção de novas salas de aula, capela, secretaria informatizada, sala de multimídia, que a priori, é utilizada como auditório com capacidade para atender 130 participantes, mais um laboratório de informática, saguão para eventos coletivos entre outros.
Passou por duas reformas: a primeira iniciou no mês de dezembro de 2002, e foi concluída em abril de 2003, a segunda reforma iniciou no mês de dezembro de 2003 e foi concluída em março de 2004.
Tecendo considerações em relação ao histórico do Colégio São Francisco Xavier, acrescentamos que este vem se configurando a cada ano como um setor de recursos, (capacitação, produção e logística) hoje se apresenta como o primeiro que se destaca em nível de contingente de discentes das escolas de Ensino Fundamental maior e Ensino Médio, em nosso município, tendo elevado seu crescimento e sendo referendado o primeiro das escolas públicas do estado do Pará (informações Centro de Educação da UFPA), é considerado como vanguarda da Instituição na Educação Básica, que atende não somente os nossos cursos de Ensino Fundamental e Médio, mas também projetos voltados a parcerias externas ao Colégio. Recebeu no ano de 2004 o Prêmio de Referência Nacional em Gestão Escolar.
Acreditando concretizar seus projetos, o Colégio prima pelos contatos com empresas e as diversas esferas governamentais, o que permitirá ao Colégio São Francisco Xavier auxiliar no desenvolvimento da qualidade das organizações públicas, bem como na resignificação da Educação Básica do Município, principalmente no Ensino Fundamental e Médio. Dessa forma, almejamos colocar em prática os projetos de cursos Técnicos, Superior, Pós-graduações e a otimização da Formação Continuada.
Acreditando na força e perseverança de cada um que faz o Colégio São Francisco Xavier, é que se torna significativa a construção de nossa História de formar cidadãos capazes de transformar a sociedade.